卡组：
卡组分为主卡组，额外卡组和副卡组。主卡组最少40张，最多60张； 副卡组最多15张，额外卡组最多15张。
主卡组：对战时候使用。
副卡组：两场之间如果觉得主卡组对对手还不够强，就可以与主卡组的某些卡片做一对一的交换，以达到对付不同类型的对手的最佳状态。
额外卡组：放融合怪兽、同调怪兽、超量怪兽以及灵摆怪兽。
限制卡、准限制卡和禁止卡：
卡组的组合要遵循这些规律。禁止卡是不能在正式比赛中使用的卡。
限制卡是每个卡组（包括副卡组）只能放1张的卡；准限制卡是每组最多能放2张的卡。
另外，不在此范围内的卡，同一种卡在卡组里不能超过3张。
禁止限制卡表每年更新四次，更新时间分别是2月1日、4月1日、7月1日和11月1日。
LP扣除规则：
当己方向对方攻击或对方向己方攻击时，被击破的卡要放进墓地里（灵摆怪兽则是放到额外卡组里，以下同理）；
攻击分为攻击攻击表示的卡和攻击守备表示的卡。攻击攻击表示的卡时，攻击力低的一方被击破，
双方攻击力差额在败方的LP中扣除，如果攻击力相等，则双方都被击破，但LP不扣；
攻击守备表示的卡时，如攻击方的攻击力在守备方的守备力之上时，守备卡要送进墓地，但没有相关效果干预时不会扣LP值，
如果攻击方的攻击力低于守备方的守备力，则将差额在攻击方的LP中扣除，双方数值相等则不产生LP的扣除，这两种情况下双方怪物卡在没有相关效果干预下都不必送进墓地；
在这两种扣除LP的情况下所扣除的LP叫做战斗损伤；
也有一些魔法陷阱卡和效果怪物卡可以直接扣除对方LP的；
胜负条件：
1． 对方的LP被扣完（一般每人有8000LP）。
2． 必须抽卡而没有卡可抽的情况下判负。
3． 因特殊效果而判定胜负的（比如艾克索迪亚，通灵盘，终焉的倒计时等）。
4． 双方同时满足胜利条件的判和局（比如双方LP都同时归0）。
战场介绍：
怪物区域：上场后的怪物卡一般被摆放在这个区域。场上最多可以同时摆放5张怪物卡。
魔法陷阱区域：魔法陷阱卡发动的时候被放置在此区域上。没有发动的也可以覆盖在此区域内。最多只能同时放置5张。魔法卡发动的时候是要先放置在此区域的，所以如果场上已经放置了5张魔法陷阱卡就不能再从手卡发动魔法了。
墓地：被破坏，牺牲，送入墓地等等的怪物卡，以及使用结束的魔法陷阱卡被正面表示放置在此区域内。决斗中随时可以互相确认墓地内的情况。墓地内的卡的摆放顺序不得随意变更。
卡组区域：自己的DECK背面向上放置在此区域内。玩家抽取最上面的卡作为自己的手牌，卡的顺序不得随意变更。如果因为卡的效果而对DECK中的卡进行了确认且该效果不包含直接决定卡组中卡的顺序的效果时，这个效果处理完毕后要重新洗牌，之后再放回此区域。
地形卡区域：魔法卡中的“地形魔法”被放置在此区域（不论正面表示还是背面表示）。这张卡不被计算在魔法陷阱区域中的5张中，但该区域只有一个卡位，即一方只能有一张场地存在。此外，双方场地可以共存。
额外卡组区域：融合怪兽、同调怪兽、超量怪兽做为特别的怪物卡自行构成“额外卡组”而被摆放在此区域内而不放在DECK内。和DECK一样，同名的卡最多只允许放3张。额外卡组的卡片数为15也不被计算在MAIN DECK的张数内。
除外区域：被除外的卡片放置的区域，是一个概念上的区域。除外区域的卡根据除外效果放置，可以互相确认（时间胶囊和光之封札剑等效果由于是里侧除外，所以无法确认）
灵摆区域：灵摆区域不是怪物卡区域也不是魔法，是“特别的新区域”，在决斗场中线两侧（地形卡区域与额外卡组之间，以及墓地和卡组之间）新增一组。
详细规则
决斗开始：决斗前，先决定由谁先开始，一般用掷硬币的方法决定。双方交换洗牌，再各自从自己的卡组抽出头五张卡。抽卡的顺序是从面上第一张开始。
决斗中的各个阶段：
抽卡阶段（Draw Phase）：从卡组抽出一张卡。
准备阶段（Standby Phase）：处理一些特殊魔法或效果怪物卡的效果。
主阶段1（Main Phase 1）：可以做的有：把手牌上的魔法、陷阱卡盖放在场上（卡位足够情况下没有数量限制）；把一张怪物卡通常召唤或盖放在场上，在卡位允许前提下无次数限制进行特殊召唤；在手牌上使用魔法卡，发动上一个自己回合盖伏的魔法陷阱卡（卡位足够情况下没有数量限制）；改变场上怪物卡的表示方式（有翻开效果的怪物卡可以在此时发动其效果，如食人虫）。
战斗阶段（Battle Phase）：所有攻击表示的怪物卡选择攻击对象或选择放弃攻击；部分效果怪物卡的效果会在此时发动（一般是写有因战斗而送往墓地，如大天使）。 需要注意：战斗阶段中不允许怪物通常召唤上场(卡的效果引发的特殊召唤除外，如血之代偿，此卡发动的效果依旧属于通常召唤)。
主阶段2（Main Phase 2）：如果Main Phase(1)时没有通常召唤怪物卡的话，现就可以通常召唤怪物卡。也可以使用魔法、陷阱、效果怪物卡的效果。如果怪物卡在本回合未曾改变表示方式，可以在此时改变。
结束（End Phase）：宣布结束本回合，此时点算手牌，多于6张的要把剩余的放进墓地。（丢弃的卡可以自行选择）。
卡片种类：
怪兽卡
魔法卡（绿色）
陷阱卡（粉色）
衍生物（灰色）
普通怪兽（黄色）
通常魔法
通常陷阱
效果怪兽（橙色）
装备魔法
反击陷阱
融合怪兽（紫色）
地形魔法
永续陷阱
仪式怪兽（蓝色）
永续魔法
同调怪兽（白色）
仪式魔法
超量怪兽（黑色）
速攻魔法
灵摆怪兽（黄绿双色，
橙绿双色）
表示形式：
背面守备表示：
卡片盖伏横放在场上。不能装备任何魔法卡，受到对方攻击时或被光之护封剑等卡要翻开变成翻开守备表示。
此时卡片即使被破坏，一般也不会给所有者伤害。
此表示的卡由自己翻开时，必须变成翻开攻击表示，即“反转召唤”。
但是也有特殊的卡可以从这种表示形式直接变成翻开守备表示，这就是绝对防御将军。
正面守备表示：
卡片横放翻开在场上。此表示形式是盖伏守备表示受到对方攻击时或被使用光之护封剑等卡要翻开后的表示形式。
或者由翻开攻击表示受到某些特定效果影响而变成的。也可以自行由翻开攻击表示变成此形式。
正面攻击表示：
卡片竖放翻开在场上。只有此表示形式可以在战斗阶段进行攻击。
背面攻击表示：
卡片竖放盖伏在场上。这是一种特殊的表示形式。
只有在对方使用暗之拜访（闇の访れ）时，翻开攻击表示的卡才会变成此表示。
战斗阶段中，不可以进行攻击且不能装备魔法卡，被对方攻击时就变成翻开攻击表示。
召唤：
通常召唤：
每回合只能进行一次的召唤。
4星或以下的怪物卡可以直接召唤上场。
4星以上的怪物卡要召唤上场就要使用适当数量的场上的怪物卡作为牲祭（5~6星需要1张，7星及以上需要2张）。
通常召唤出场的卡只能是盖伏守备表示或翻开攻击表示。
反转召唤：
指怪物卡在己方的Main Phase由盖伏守备表示转为翻开攻击表示。
这种召唤在同一回合内没有次数限制。翻开效果怪物卡的效果会在此时发动。
要注意的是，不能在Main Phase(1)的时候以盖伏守备表示上场，
然后在Main Phase（2）的时候反转召唤。因为反转召唤也属于改变表示形式，
在Main Phase（1）刚召唤上场的怪物卡不可以在同一回合的Main Phase(2)改变表示形式，也就是不能反转召唤。
还有一个特殊的反转召唤例子，就是绝对防御将军。此卡效果说明反转召唤后可以马上改变为翻开守备表示的。
也就是说这张卡可以由盖伏守备表示直接变为翻开守备表示。
特殊召唤：
指怪物卡在魔法、陷阱、效果怪物卡的作用下，在手牌、卡组、墓地、除外区召唤到场上。一回合内没有次数限制。
如果没有特别说明是以什么表示形式上场的话，就都要以翻开表示上场。
特殊召唤包括仪式召唤，融合召唤，同调召唤，超量召唤，灵摆召唤，效果召唤，苏生召唤。
新增规则
2014年3月21日起OCG规则变化：
先攻第一回合的抽卡阶段不再进行规则抽卡。15年前的官方规则（13年前的青少年规则）废止时消灭的先攻不抽卡规则复活。
双方场上可以各存在1张表侧表示的地形魔法卡。自己的地形魔法卡的发动成功时，对方的表侧表示地形魔法卡不再会被规则破坏。
卡片的效果文字格式修整，在不同的效果前面添加了数字序号（①、②、③之类），更加容易区分。
利用“灵摆怪物”的“灵摆召唤”登场。
伤害步骤重新整合为五步。
